La restauración de Villa Ocampo se inció en 2003 y concluirá en 2008. Demandó una inversión cercana a los $ 2,000,000. Gran parte de los fondos se obtuvieron por una contribución de la Secretaría de Obras Públicas de la Nación a través de la Dirección Nacional de Arquitectura. La UNESCO también aportó fondos, así como la Asociación Amigos de Villa Ocampo y diversos donantes privados. 

La primera etapa de los trabajos abarcó el jardín y el exterior de la casa, así como algunos ambientes interiores. Concluyó en marzo de 2005, cuando el sitio fue visitado por el Director General de la UNESCO y se habilitó para las primeras visitas. 

En 2005 y 2006 se ejecutó la segunda etapa, en la que se mejoró sustancialmente la seguridad, la infraestructura, y se completaron la planta baja y algunos ambientes del primer piso. Esto permitió albergar la primera exposición de arte en la planta superior y habilitar el centro de documentación. 

El 19 de diciembre de 2006 se firmó el contrato para la realización de la tercera y última etapa de los trabajos, que se ejecutará entre 2007 y 2008. Quedará completada la infraestructura, así como la restauración del primer piso y la mansarda.

La Asociación de Amigos contribuye activamente con la restauración de los muebles y obras de arte; la Universidad de Harvard y donantes privados aportaron los fondos para la restauración de libros y otros materiales de la biblioteca.