El Proyecto Villa Ocampo se administra hoy a través de un sistema definido en el Acuerdo entre la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO), el Gobierno de la República Argentina, la Fundación Sur, la Asociación por Villa Ocampo y la Fundación Victoria Ocampo. El Acuerdo fue firmado en el año 2000 en la sede de UNESCO en París.

El Consejo de Administración, que define la orientación general y la naturaleza de las actividades de Villa Ocampo, está compuesto por cinco miembros:

• Jorge Grandi, Director de la Oficina Regional de la UNESCO en Montevideo, en representación de ese organismo.

• Dr. Pablo Wisznia, Subsecretario de Cultura de la Presidencia de la Nación, en representación del Gobierno de Argentina.

• Dr. Javier Negri, en representación de la Fundación Sur.

• La escritora María Esther Vázquez, en representación de la Asociación por Villa Ocampo.

• Arq. Luis Parenti, en representación de la Fundación Victoria Ocampo.

El Director Ejecutivo es responsable de la administración de Villa Ocampo. El cargo es ocupado por el Dr. Nicolás Helft, elegido por concurso en 2003.

La UNESCO es propietaria de Villa Ocampo y provee asistencia técnica y el apoyo de la gestión administrativa y financiera a través de su oficina regional en Montevideo.